Introducción a la bioinformática

Calificaciones

  • Notas de alumnos aprobados [ pdf ]

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Turno:

Tarde (14 a 17 hs).

Idioma:

Castellano.

Requisitos:

El curso está dirigido a informáticos que tengan conocimientos básicos de algoritmos y que quieran conocer problemas computacionales interesantes que se originan en biología.

También puede ser interesante para biólogos o profesionales de carreras afines, que ya tengan alguna noción del tema o que hayan trabajado con herramientas bioinformáticas y estén interesados en conocer lo que hay detrás de las herramientas más usadas.

Objetivo:

Familiarizar al alumno con los distintos problemas computacionales que tienen su origen en biología molecular, así como proporcionar las herramientas fundamentales para el análisis y diseño de algoritmos para resolverlos.

Programa:

  1. Introducción a la Biología Molecular (1.5 hrs.)
    DNA y Proteínas
    El dogma central de la biología
    El código genético
    Control de la expresión de genes
  2. Búsqueda Exhaustiva (3 hrs.)
    Mapas de restricción
    Algoritmos para la construcción de mapas de restricción
    Motivos reguladores en secuencias de ADN
    Búsqueda de motivos
  3. Algoritmos Voraces (3 hrs.)
    Re-arreglo de genomas
    Re-arreglo mediante permutaciones
    Enfoque voraz para la búsqueda de motivos
  4. Algoritmos en grafos (3 hrs.)
    Secuenciación de ADN por hibridación
    Ensamblado por Shotgun
    Secuenciación de proteínas
  5. Programación Dinámica (3 hrs.)
    Alineamiento de pares de secuencias
    Alineamiento múltiple de secuencias
    Alineamiento clásico y probabilístico
  6. Algunos desafíos en Genómica Estructural (2hrs.)
    Plegamiento de proteínas
    Interacción Proteína-Proteína
    Predicción de funciones

 

BIBLIOGRAFÍA:

 

  1. Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. The MIT Press; 1 edition (August 1, 2004)
  2. Michael S. Waterman. Introduction to Computational Biology: Maps, sequences and genomes. Chapman & Hall/CRC c2000
  3. Dan Gusfield. Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambrige University Press. c1999
  4. Pavel Pevzner. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach. The MIT Press; 1st edition (August 21, 2000)
  5. I. Eidhammer, I. Jonassen, and W. R. Taylor. Protein Bioinformatics: An algorithmic approach to sequence and strcuture analysis. John Wiley & Sons, 2004.

Profesor: